L’Église érythréenne a été dans la juridiction de l’Église éthiopienne orthodoxe jusqu’en 1993, date de son autocéphalie, et Philippe Ier en devient son premier patriarche.
Les relations difficiles avec le gouvernement érythréen ont conduit à la déposition du patriarche Antonios Ier , en 2005. Le siège est resté vacant pendant près de deux ans. En 2007, le remplacement à la tête de l’Église du patriarche Antoine Ier par Dioscore Ier, imposé par le gouvernement, provoque des difficultés graves au sein de l’Église d’autant que le patriarche Dioscore Ier n’est pas reconnu par les autres églises orthodoxes orientales.
Le synode d’Asmara élit Abune Qerlos en mai 2021, nouveau patriarche, il est consacré en juin 2021.
Antonios Ier est excommunié par le synode d’Asmara en 2019, ce dernier meurt en février 2022.
La rencontre en juillet 2022 au Caire entre Théodore II et Cyril I (Abune Qerlos) ouvre la voie à la restauration de la communion rompu depuis 2007 avec l’ensemble des autres églises orthodoxes orientales.